Giai đoạn từ 19/12/1998 đến 1/7/2005: Phương thức thanh toán trong giai đoạn này được quy định lại theo thông tưsố 17/1998/TT-BYT ngày 19/12/1998. Bản chất phương thức thanh toán trong giai đoạn này là:

Khu vực ngoại trú: thanh toán theo phí dịch vụ, có trần thanh toán bằng 45% quỹ khám chữa bệnh của số thẻ đăng ký tại cơsở y tế. Chi phí khám chữa bệnh ngoại trú tuyến trên cũng được tính vào trần thanh toán này;

Khu vực nội trú: thanh toán theo phí dịch vụ, có trần, trần thanh toán bằng chi phí khám chữa bệnh nội trú bình quân một đợt điều trị năm trước x tổng số bệnh nhân ra viện trong kỳ thanh toán x 1,1;

Chi phí vượt trần được cân đối, thanh toán vào quý đầu năm tài chính kế tiếp; Ngoài ra, y tế cơquan được sử dụng 5% quỹ khám chữa bệnh cho hoạt động chăm sóc sức khỏe ban đầu.

Giai đoạn từ 1/7/2005 đến nay: Phương thức thanh toán trong giai đoạn này được quy định tại Điều lệ BHYT mới, ban hành theo Nghị định 63/2005, bao gồm các phương thức thanh toán theo phí dịch vụ, thanh toán theo định suất, theo nhóm chẩn đoán hoặc các phương thức thanh toán khác. Thông tưliên tịch 21/2005 ngày 27/7/2005 của liên bộ hướng dẫn chi tiết hai phương thức thanh toán giữa quỹ BHYT và cơ sở y tếlà thanh toán theo phí dịch vụ có trần và thanh toán theo định suất. Cơ sở khám chữa bệnh lựa chọn phương thức thanh toán phù hợp để ký hợp đông với cơquan BHXH.