Trong thời gian mới đi vào hoạt động, đến ngày 31/03/2003, BHTG Việt Nam đã chi trả tiền gửi được bảo hiểm cho 30 tổ chức tham gia BHTG, tuy nhiên ở giai đoạn này thì BHTG Việt Nam không hề tham gia vào quá trình thanh lý của những tổ chức này. Trong khi đó theo qui định tại Nghị định 89/1999/NĐ-CP và Thông tư số 03/2000/TT-NHNN5, khi BHTG Việt Nam chi trả tiền gửi cho tổ chức tham gia BHTG bị mất khả năng chi trả thì BHTG Việt Nam sẽ trở thành chủ nợ và được quyền tham gia quá trình thanh lý tài sản của tổ chức tham gia BHTG theo qui định của Luật phá sản, điều này trái với cách thức và thông lệ BHTG trên thế giới.

        Đến ngày 21/10/2003, Ngân hàng nhà nước Việt Nam ra chỉ thị số 06/2003/CT-NHNN, theo tinh thần chỉ thị này thì BHTG Việt Nam được tham gia vào Hội đồng thanh lý của các tổ chức tham gia BHTG, tuy nhiên trên thực tế vai trò là thành viên Hội đồng thanh lý của BHTG Việt Nam chỉ mang tính hình thức, bởi vì mọi hoạt động của hội đồng này do tổ giám sát của Ngân hàng nhà nước trên địa bàn có tổ chức tín dụng bị phá sản trực tiếp điều hành, điều này cũng làm cho hiệu quả hoạt động của các hội đồng thanh lý rất kém, thời gian kéo dài.

        Sự không tách bạch rõ ràng giữa công cụ tài chính và công cụ quản lý Nhà nước nên hoạt động bảo hiểm tiền gửi chưa đáp ứng được nhu cầu của các tổ chức tín dụng và người gửi tiền, vì lẽ đó đã làm cho tính chất của Bảo hiểm tiền gửi là làm giảm thiểu rủi ro cho các TCTD chỉ mang tính hình thức, chưa đáp ứng được yêu cầu bảo vệ của người gửi tiền một cách tích cực, bảo đảm sự phát triển bền vững của các tổ chức nhận tiền gửi.