Theo quy định hiện hành, tổ chức chịu trách nhiệm thi hành chính sách BHYT là Bảo hiểm xã hội Việt Nam. BHXH Việt Nam là cơquan trực thuộc Chính phủ, với biên chế trên 10.000 cán bộ, viên chức, được tổ chức thành 3 cấp: cơ quan trung ương, cơquan cấp tỉnh và cấp quận huyện. BHXH Việt Nam có nhiệm vụ chỉ đạo và tổ chức thực hiện chính sách, chế độ bảo hiểm xã hội; thu các khoản đóng bảo hiểm xã hội bắt buộc và tự nguyện, chi bảo hiểm xã hội theo thẩm quyền, quản lý Quỹ bảo hiểm xã hội theo nguyên tắc tập trung và thống nhất.

Hoạt động thu chi quỹ khám chữa bệnh BHYT được lồng ghép trong các hoạt động thu chi quỹ hưu trí, quỹ trợ cấp nghỉ ốm, nghỉ thai sản. Từ trung ương tới địa phương, hệ thống tổ chức hiện hành của BHXH VN không tổ chức riêng bộ máy chuyên trách về nghiệp vụ BHYT. Ở cơ quan trung ương, chính sách BHYT được quản lý thực hiện cùng các chính sách hưu trí và bảo hiểm xã hội ngắn hạn khác tại 10 ban chuyên môn.

Tại bệnh viện đa khoa huyện Thanh Bình, tỉnh Đồng Tháp cán bộ y tế luôn luôn phải làm ngoài giờ để tập hợp chi phí BHYT theo mẫu của cơ quan BHXH. Tất cả các cơsở y tế trong mẫu nghiên cứu đều mong muốn có cải cách thủ tục hành chính và giảm nhẹ gánh nặng công việc bằng ứng dụng công nghệ thông tin.