Mức khấu trừ là khoản tiền mà NĐBH tự mình gánh chịu khi có khiếu nại phải bồi thường, nghĩa là họ sẽ không được công ty bảo hiểm thanh toán toàn bộ số tiền bồi thường, mà giới hạn việc bảo hiểm trong những trường hợp khiếu nại rất lớn và đồng ý tự bảo hiểm đối với những khiếu nại nhỏ. Như vậy, mức khấu trừ chủ yếu nhằm tránh cho NBH những rắc rối và chi phí khi giải quyết những khiếu nại nhỏ. Thậm chí, mức khấu trừ còn tránh cho họ khỏi những khiếu nại trung bình, nếu KTS hoặc KSTV tin rằng anh ta có đủ khả năng tài chính tự chịu được các rủi ro đó. Ngoài ra, mức khấu trừ cũng nhằm khiến NĐBH cương quyết hơn trong việc từ chối những khiếu nại không thoả đáng. Về phía NĐBH, khi áp dụng mức khấu trừ, phí bảo hiểm sẽ được giảm một phần, tuỳ thuộc vào mức khấu trừ cụ thể. Đôi khi một số phần trăm nào đó do NĐBH giữ lại (đồng bảo hiểm), được sử dụng thay cho một mức khấu trừ cố định sẵn.

Mức khấu trừ tiêu chuẩn được quy định cho cả 2 sản phẩm BHTNNN KTS & KSTV trên cơ sở năm và trên cơ sở từng dự án tại Việt Nam hiện nay là 5% số tiền bồi thường mỗi tổn thất, tối thiểu 10 triệu VND, tối đa 5% giới hạn bồi thường của Đơn bảo hiểm. Trong mọi trường hợp, NBH chỉ chịu trách nhiệm đối với mỗi và mọi khiếu nại được bảo hiểm theo Đơn bảo hiểm đối với phần khiếu nại (mà theo điều khoản này được xem là bao gồm tất cả các chi phí và phí tổn mà NBH đã thanh toán nhằm điều tra và bào chữa khiếu nại) vượt quá mức khấu trừ tối thiểu được nêu trong Giấy chứng nhận bảo hiểm mà NĐBH tự chịu. Đối với các khiếu nại vượt quá mức khấu trừ tối thiểu, NĐBH sẽ tự chịu trách nhiệm theo một tỷ lệ phần trăm được quy định rõ trong Giấy chứng nhận bảo hiểm. Nếu bất kỳ chi phí nào NBH đã bỏ ra mà sau đó được xác định là nằm trong mức khấu trừ mà NĐBH phải có trách nhiệm thanh toán như đề cập ở trên thì NĐBH phải hoàn trả lại số tiền đó cho NBH ngay sau khi được yêu cầu.