Hiện nay, nguồn vốn hoạt động của BHTGVN ngoài 1.000 tỷ đồng do ngân sách Nhà nước cấp ban đầu còn có khoảng 1.700 tỷ đồng từ thu phí BHTG của các tổ chức tham gia BHTG và từ hoạt động đầu tư. Mức vốn này hoàn toàn chưa tương xứng với vai trò của BHTGVN cũng như mức độ rủi ro của hệ thống tài chính – ngân hàng nước ta.

Theo thông lệ quốc tế và của những nước có trình độ phát triển như Việt Nam thì tỷ lệ giữa mức vốn của tổ chức BHTG/Tổng số dư tiền gửi được bảo hiểm (còn gọi là tỷ lệ vốn mục tiêu) ở vào mức 1,5 – 5%, trong khi đó, ở Việt Nam, tỷ lệ này mới ở mức 0,97 – 1%, thấp hơn nhiều so với thông lệ quốc tế. Vì vậy, để BHTGVN thực hiện được vai trò của mình và hạn chế việc phải điều chỉnh luật, thay vì quy định mức vốn điều lệ cố định do ngân sách cấp như hiện nay

Đối với BHTG Việt Nam từ khi thành lập đến nay đã thực hiện tốt vai trò tiếp nhận, xử lý những tổ chức tài chính đổ vỡ cụ thể là những QTDND cơ sở, đặc biệt là tại tỉnh Kiên Giang thuộc khu vực ĐBSCL ngay từ khi ra đời tổ chức BHTG đã tiến hành xử lý 7 QTDND tại tỉnh Kiên Giang, tổng số tiền chi trả là 8.703.989.000 đồng cho người gửi tiền.